Současné varhany
První zmínka o varhanách se týká jejich opravy, a to v roce 1695. Později roku 1750 byly tyto varhany nahrazeny novými. Další zpráva o varhanách není zcela jasná. Podle ní by další nové varhany byly zakoupeny již roku 1757, což se zdá být velmi nepravděpodobné. S jistotou však můžeme říci, že nový varhanní stroj s 8 znějícími rejstříky byl pro kostel zakoupen roku 1858. Donedávna byly v kostele instalovány varhany o 13 znějících rejstřících a 810 píšťalách pocházející z roku 1907, které však během svých takřka sto roků zaznamenaly mnoho úprav.
V roce 2002 bylo na farní radě farnosti rozhodnuto o zásadní rekonstrukci varhan. Důvodem bylo především značné poškození a téměř nefunkčnost původního nástroje a především velkorysá nabídka rodiny A. C. z Blanska na pokrytí největší části finančních výdajů spojených s rekonstrukcí varhan. O slavnosti "Tří králů" r. 2003 zazněly staré varhany naposled, jejich zvuk byl zaznamenán na CD nosič. Poté zajistila farnost jejich odbornou demontáž a následně i nezbytnou rekonstrukci kůru podle nových dispozic.
Nové dvou manuálové varhany o 20 znějících rejstřících postavil v roce 2003 Pavel Plhoň z Rájce-Jestřebí. Nástroj je tvořen elektropneumatickou soustavou s kuželkovými vzdušnicemi.
Přestože jsou tyto varhany určeny přednostně k liturgickému použití, nabízejí dostatečnou škálu zvukových možností pro interpretaci barokní, romantické i soudobé varhanní hudby. Proto předpokládáme, že poslouží rovněž studentům varhanní hudby a také k výuce budoucích chrámových varhaníků.
Na závěr bych chtěl vyslovit velké poděkování všem, kteří přispěli jakýmkoli dílem k tomu, aby v blanenském chrámu sv. Martina opět mohly zaznít velebné tóny varhan. Kéž přispívají k oslavě Boží a k duchovnímu užitku nás všech.
Jiří Kaňa, farář
Nový nástroj požehnal 20. června 2004 P. Josef Čupr SJ, Kolín. Následoval koncert Mgr. Petra Koláře, který je profesorem varhanní hudby na brněnské konzervatoři a varhaníkem v Brně na Petrově.
Dispozice varhan
1. manuál
56 kláves, 61 tónů
Principál 8'
Kvintadena 8'
Salicional 8'
Vox coelestis 8'
Oktáva 4'
Flétna syčivá 4'
Flétna lesní 2'
Mixtura 2'
I 4'
II/I 4'
II/I 8'
II/I 16
2. manuál
56 kláves, 61 tónů
Kryt 8'
Flétna trubicová 4'
Roh kamzičí 4'
Principal 2'
Oktáva 1'
Sesquialtera 1 1/3'
Cimbel 1/2'
II 4'
Pedál
30 kláves, 30 tónů
Subbas 16'
Echobas 16'
Kryt kovový 8'
Kvintbas 5 1/3'
Chorálbas 4'
Double (pedál. spojka)
I/P 8'
I/P 4'
II/P 8'
II/P 4'
Pomocná zařízení
4 volné kombinace
7 pevných kombinací
Anulátor pedálu
Automatický bas